一、问题的提出
生态环境损害赔偿制度，是我国生态文明体制改革的重要成果。其基本构造是：生态环境受到损害后，由省级、市地级政府及其指定的部门或者机构作为赔偿权利人，与赔偿义务人磋商；磋商达成协议的，可以申请司法确认；磋商不成的，可以提起生态环境损害赔偿诉讼。
磋商的实践，成效明显。据公开数据，全国办理的生态环境损害赔偿案件已逾万件，其中多数通过磋商结案，磋商的平均周期远短于诉讼，赔偿义务人的履行率亦较高。磋商之所以有效，原因在于：它避免了漫长的诉讼，降低了双方的对抗，使修复得以尽快启动。
但磋商协议的法律构造，仍不清晰。协议的效力从何而来？是双方的合意，还是行政机关的公权力？协议经司法确认后，效力如何？是取得执行力，还是取得既判力？赔偿义务人不履行的，赔偿权利人能否直接申请强制执行？这些问题，实务中的处理并不一致。
争议之一，是协议的性质。若定位为民事协议，则适用合同法的规则，双方地位平等，行政机关无权单方变更；若定位为行政协议，则适用行政法上的优益权，行政机关在公共利益需要时可以单方变更，但须补偿。两种定位，对当事人的权利影响甚巨。
争议之二，是审查的标准。司法确认是形式审查还是实质审查？若仅作形式审查，则协议内容的合法性无从保障，可能出现以磋商之名行规避法律之实的情形；若作实质审查，则与确认程序的效率追求相悖，确认程序将沦为第二个诉讼。
争议之三，是程序的选择。司法确认与公证、仲裁、诉讼判决的关系如何？当事人不履行协议时，赔偿权利人能否直接申请强制执行？若能，依据何在；若不能，磋商协议岂非形同虚设？
本文主张：磋商协议在性质上是行政协议，但其行政性受限于磋商的合意本质，行政机关单方变更须有法律依据且须补偿；司法确认应采有限实质审查，审查的事项限于三项；协议经确认后，赔偿义务人不履行的，赔偿权利人可以申请强制执行，无须另行起诉；协议的效力范围限于磋商的事项，不及于未参与磋商的第三人。
生态环境损害赔偿磋商的启动条件、谈判要点与程序流程，实务中的操作口径可参见污染了环境，政府找上门要赔钱：生态环境损害赔偿磋商怎么谈一文所作的梳理。该文着眼于磋商的操作，本文则着眼于协议的效力，两者可互为参照。
磋商的制度背景，值得梳理。2015年《生态环境损害赔偿制度改革试点方案》出台，2017年《生态环境损害赔偿制度改革方案》在全国推行，2019年《最高人民法院关于审理生态环境损害赔偿案件的若干规定（试行）》发布，2022年《生态环境损害赔偿管理规定》施行。制度的演进，从试点到全面，从政策到规范，逐步定型。
制度的定位，是填补法律的空白。传统的侵权责任，以私人损害为对象；生态环境的损害，往往无特定的受害人，或者受害人难以确定，传统的侵权救济无从适用。公益诉讼虽然可以填补，但其主体有限、程序复杂；行政制裁虽然可以惩罚，但不能填补损害。生态环境损害赔偿制度，正是为填补这一空白而设。
制度的另一个功能，是激励修复。传统的救济以金钱赔偿为主，赔偿金支付后，损害的修复往往无人负责；生态环境损害赔偿制度以修复为本位，赔偿的方式首选修复，修复不能时才以金钱替代。这一转变，体现了环境法从“损害填补”向“生态恢复”的理念更新。
从案件类型看，磋商适用于损害事实清楚、责任明确、修复可行的情形。损害事实不清、责任主体不明、修复技术不可行的，不宜磋商，应当诉讼。实务中，部分行政机关为追求结案率，对不宜磋商的案件强行磋商，导致协议无法履行。
实务中的一个案例，可以说明争议的实益。某企业长期排放废水，造成河流污染，行政机关与其磋商，约定企业出资修复河道、赔偿服务功能损失。协议签订后，企业以经营困难为由请求减少赔偿，行政机关不同意；企业遂以协议显失公平为由起诉。若定位为民事合同，法院可以依情势变更调整；若定位为行政协议，法院须审查行政行为的合法性。两种路径的审理对象不同，结论亦可能不同。
这一案例说明，性质的定位不是学理的偏好，而是实践的需要。定位不清，则诉讼的路径不清，当事人的权利无从保障。本文主张的行政协议说，可以为当事人提供明确的路径：赔偿义务人提起行政诉讼，赔偿权利人申请强制执行。
二、协议性质的定位
协议性质的定位，须先厘清磋商的法律关系。磋商的一方是行政机关，其以赔偿权利人的身份出现；另一方是造成生态环境损害的单位或者个人。双方就损害的修复、赔偿的数额、履行的方式达成合意。这一关系，既有公法的因素，也有私法的因素。
公法的因素，体现在三处。其一，赔偿权利人的身份由法律赋予，非依约定产生；其二，磋商的事项涉及生态环境这一公共法益，非纯粹的私人利益；其三，协议的履行受行政机关的监督，修复的效果须经行政机关验收。三处均表明，磋商不是纯粹的私人交易。
私法的因素，也体现在三处。其一，协议的内容由双方协商确定，行政机关不得单方决定；其二，赔偿的数额依损害的评估确定，具有财产内容；其三，协议的履行适用债的一般规则，可以协商变更、可以约定担保。三处均表明，磋商不是纯粹的行政命令。
学理上的定位，有三种主张。其一是民事合同说，认为磋商的本质是平等主体之间的协商，行政机关在此不以公权力主体身份出现，而是以公共利益代表人的身份主张赔偿，故协议是民事合同。其二是行政协议说，认为磋商是实现行政管理目标的手段，协议的内容涉及公共法益，故协议是行政协议。其三是混合说，认为协议兼具两种性质，依不同的事项分别适用。
本文主张采行政协议说，理由有三。其一，主体的特定性。协议的一方必为行政机关，且其身份由法律赋予，不可替代。其二，目的的公共性。协议的目的是修复生态环境，实现公共利益，而非行政机关的自身利益。其三，权利义务的不对等。行政机关享有监督、验收、指导的权力，赔偿义务人负有配合、报告的义务，二者的地位并不完全平等。
行政协议说的实践意义，在于适用行政诉讼法及其司法解释。依行政诉讼法第十二条第一款第十一项，行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的，相对人可以提起行政诉讼。磋商协议虽未明文列举，但其性质相近，可以参照适用。
但行政性须有限度。磋商的本质是合意，若行政机关可以随时以公共利益为由单方变更，则磋商失去意义，赔偿义务人将不愿参与。故本文主张，行政机关的单方变更权须受三重限制：须有法律依据、须经磋商、须补偿损失。三重限制，使行政性与合意性得以平衡。
与行政协议说的一个配套问题，是诉讼的路径。赔偿义务人对协议的订立、履行有异议的，可以提起行政诉讼；赔偿权利人对协议的不履行有异议的，可以申请强制执行或者提起行政诉讼。两条路径，均须在协议的性质确定之后方能明确。
与民事合同说的一个分歧，是行政机关的地位。民事合同说认为，行政机关在磋商中以赔偿权利人的身份出现，与赔偿义务人地位平等；行政协议说认为，行政机关既是赔偿权利人，又是监管者，两种身份交织，地位并不完全平等。本文认为，两种身份的交织，正是磋商的特点，也是其风险所在。
风险的表现，是行政机关可能利用监管者的身份，压迫赔偿义务人接受不合理的条件。例如以停产整治、吊销许可证相威胁，迫使对方接受高额赔偿；或者以不予验收、不予销号相要挟，迫使对方放弃抗辩。此类行为，违反了磋商的自愿原则，影响协议的效力。
防范的措施，是程序的分离。磋商的谈判，由赔偿权利人的一个部门负责；行政处罚、许可的决定，由另一个部门负责；二者不得相互作为条件。这一分离，可以避免身份的混同，保障磋商的公平。
与民事合同说的另一个分歧，是情势变更的适用。民事合同说下，情势变更可以依民法典第五百三十三条请求变更或者解除；行政协议说下，情势变更的适用须受行政法上的限制。本文主张，磋商协议可以适用情势变更，但须经磋商；磋商不成的，可以请求法院变更或者解除。
协议的解释，宜采客观解释。协议条款的含义，依其文义、体系、目的、习惯确定；有争议的，作有利于实现修复目的的解释。这一规则，可以避免当事人以文字游戏逃避义务。
三、协议的生效与效力内容
协议的生效，须具备三项要件：主体适格、意思表示真实、内容合法。主体适格，指赔偿权利人须为省级、市地级政府及其指定的部门或者机构；赔偿义务人须为造成损害的单位或者个人。意思表示真实，指双方自愿达成合意，无欺诈、胁迫、重大误解。内容合法，指协议不违反法律强制性规定，不损害公共利益与他人合法权益。
协议的形式，须采书面。书面形式的要求，不只是证据的考虑，更是程序的考虑：书面协议可以明确磋商的事项、赔偿的数额、修复的标准、履行的期限，避免日后的争议。实务中，部分磋商以会议纪要的形式记录，内容简略，履行时争议不断。
协议生效的时间，宜采签字盖章之日。双方另有约定的，依约定。须经批准的，自批准之日生效。生效后，双方应当按照约定履行；一方不履行的，另一方可以依协议或者法律主张权利。
协议的效力内容，包括三项：其一是履行的请求力，赔偿权利人有权请求赔偿义务人履行修复、赔偿的义务；其二是强制的执行力，经司法确认后，可以申请强制执行；其三是既判的效力，经确认后，当事人不得就同一事项再行争议。三项效力，层层递进。
协议的对内效力与对外效力，须予区分。对内，协议约束双方当事人；对外，协议不影响第三人的权利。第三人因协议受到损害的，可以另行主张；协议的内容涉及第三人权利的，须经第三人同意。
协议的可分性，亦须讨论。协议包含多项义务的，例如修复义务、赔偿义务、监测义务，各项义务的效力独立；一项义务无效的，不影响其他义务的效力。这一规则，可以避免因部分条款的瑕疵而使整个协议归于无效。
协议的变更与解除，须经双方协商。行政机关单方变更的，须有法律依据，且须补偿赔偿义务人的损失；单方解除的，须有正当理由，且须履行相应的程序。赔偿义务人请求变更的，须证明情势变更或者协议显失公平。
磋商的主体，须予明确。赔偿权利人是省级、市地级政府，其可以指定部门或者机构具体负责；指定的部门或者机构，以自己的名义磋商、签约、申请确认。实务中，部分地方由生态环境局、自然资源局、农业农村局分别负责不同领域的损害，权限交叉，容易推诿。
赔偿义务人的范围，包括直接造成损害的单位或者个人，以及依法应当承担责任的其他主体。多个主体共同造成损害的，可以一并磋商，也可以分别磋商；分别磋商的，各自的赔偿数额依其原因力确定。
磋商的启动，可以由赔偿权利人依职权启动，也可以由赔偿义务人申请启动。启动的条件，是损害已经发生、责任主体明确、修复可行。启动后，赔偿权利人应当组织调查、评估，形成磋商方案；方案应当包括损害的事实、赔偿的范围、修复的方案、履行的期限。
磋商的参与人，除双方当事人外，可以包括：评估机构、专家、相关的利害关系人、检察机关。评估机构与专家提供技术支撑；利害关系人可以发表意见；检察机关可以监督。参与人的范围，依案件的情况确定。
磋商与调解的区分，亦须说明。调解是由第三方主持，促成双方达成合意；磋商是双方直接协商，行政机关既是当事人又是主持者。二者的区别，在于第三方是否存在。磋商没有第三方主持，故更须强调程序的公正、信息的公开、意见的听取。
磋商与和解的区分，在于争点的有无。和解是就已发生的争议达成妥协；磋商是在争议发生前就责任的分担达成合意。二者的区别，在于时点。磋商的时点在前，故更须强调事实的查明、评估的科学，避免在事实不清的情况下草率达成协议。
四、协议内容的合法性审查
磋商协议的内容，涉及赔偿的范围、修复的责任、履行的方式三项。三项均须符合法律的规定，不得由双方随意约定。审查的标准，是法定性与合理性的结合：法定性指不违反法律的强制性规定，合理性指不明显偏离损害的程度。
赔偿范围的审查，须依民法典第一千二百三十五条。该条规定的范围包括：生态环境受到损害至修复完成期间服务功能丧失导致的损失；生态环境功能永久性损害造成的损失；生态环境损害调查、鉴定评估等费用；清除污染、修复生态环境费用；防止损害的发生和扩大所支出的合理费用。五项范围，是法定的最低范围，协议不得低于该范围。
实务中的问题，是赔偿范围的遗漏。部分协议只约定修复费用，未约定服务功能损失；只约定直接损失，未约定调查评估费用。遗漏的原因，多是评估不全面或者磋商不充分。本文主张，审查时应当核对评估报告，发现遗漏的，责令补正；补正不能的，不予确认。
修复责任的审查，须关注三点。其一是修复的标准。修复应当达到生态环境基线水平，即损害发生前的状态；不能恢复的，可以采取替代性修复，例如异地补植、增殖放流。其二是修复的方案。方案应当明确修复的地点、面积、方式、期限、验收标准。其三是修复的监督。行政机关应当对修复过程进行监督，修复完成后组织验收。
替代性修复的适用，须严格。替代性修复是修复不能时的补充，不是修复的替代；适用的前提，是原地修复在技术上不可行或者成本明显过高。替代性修复的方案，须经专家论证，并征求公众意见。实务中，部分协议以赔偿金替代修复，实质上是以钱代修，与制度的目的相悖。
履行方式的审查，须关注可行性。履行的方式包括自行修复、委托修复、缴纳赔偿金。自行修复的，须有相应的技术能力；委托修复的，须明确受托人、费用、监督；缴纳赔偿金的，须明确缴入的账户、使用的范围。三种方式，可以并用。
赔偿金的管理的审查，亦须关注。赔偿金应当缴入国库或者指定的账户，专项用于生态环境修复；不得挪作他用，不得用于平衡预算。协议约定赔偿金支付给其他主体的，须说明理由，并经审查。
显失公平的审查，是实质审查的核心。协议约定的赔偿数额明显低于损害的程度，或者修复的标准明显低于基线水平的，构成显失公平。判断的标准，是评估报告的结论；协议与评估结论偏离超过三成的，应当说明理由；无正当理由的，不予确认。
一个易被忽略的问题，是协议的履行期限。期限过长，修复迟延，损害扩大；期限过短，义务人无法完成，协议落空。合理的期限，依修复的规模、技术的难度确定；一般不超过三年，重大复杂的可以延长，但须说明理由并报批。
评估报告的地位，须予明确。评估报告是协议的事实基础，不是协议的组成部分；评估报告有瑕疵的，协议的内容可能失据。法院在确认程序中，应当审查评估机构的资质、评估方法的科学性、评估结论的合理性；发现问题的，可以要求补充说明或者重新评估。
修复方案的审查，须关注可行性。方案应当明确修复的目标、技术路线、时间安排、资金预算、验收标准；技术路线不可行的，方案落空；资金预算不足的，修复难以完成。法院可以委托专家审查方案，审查的意见作为确认的参考。
公众参与的程度，须予考虑。生态环境的损害涉及公众利益，磋商的过程宜向社会公开，修复的方案宜征求公众意见。实务中，部分地方已经建立磋商的公开机制，公开的范围包括损害的事实、赔偿的数额、修复的方案；公开的效果，是增强协议的公信力。
确认裁定的内容，须具体明确。裁定应当载明：协议的主要条款、履行的期限、修复的标准、违约的后果、执行的方式。内容不明确的，执行时易生争议；法院在确认时，应当要求当事人补正。
五、司法确认的程序构造
司法确认的程序，依民事诉讼法的规定，参照人民调解协议的确认程序。申请的主体，是协议的双方；申请的期限，是协议生效后三十日内；管辖的法院，是协议履行地、损害发生地或者赔偿权利人住所地的基层人民法院。
申请的材料，包括：申请书、协议原件、双方的身份证明、评估报告、磋商的记录、修复的方案。材料的完整性，是受理的前提；材料不全的，法院应当一次性告知补正。
审查的方式，宜采书面审查与询问结合。法院应当审查协议的自愿性、合法性；必要时可以询问当事人、听取专家意见、实地查看。审查的期限，是受理后三十日内；有特殊情况需要延长的，可以延长十五日。
审查的标准，是本文主张的有限实质审查。审查的事项限于三项：协议是否违反法律强制性规定；是否损害公共利益与他人合法权益；是否显失公平。三项之外的事项，例如赔偿数额的具体计算、修复技术的选择，不作审查。
有限实质审查的理由，有三。其一，确认程序的功能是赋予协议执行力，不是替代诉讼；若作全面审查，则与诉讼无异。其二，磋商已经过评估、协商、公示等程序，协议的内容有一定的正当性基础；全面审查的必要性较低。其三，生态环境损害的判断具有专业性，法院的能力有限；有限审查可以借助评估报告与专家意见，避免越俎代庖。
确认的裁定，须载明协议的内容、审查的结论、执行的方式。裁定一经送达，即发生法律效力；当事人不服的，不得上诉，但可以申请复议一次。复议期间，不停止裁定的执行。
不予确认的情形，包括：协议违反法律强制性规定；损害公共利益或者他人合法权益；显失公平；主体不适格；意思表示不真实。不予确认的，法院应当说明理由，并告知当事人可以另行磋商或者提起诉讼。
确认后的效力，有三项。其一是执行力，一方不履行的，另一方可以申请强制执行；其二是既判力，当事人不得就同一事项再行争议；其三是形成力，协议的内容经确认后，具有确定的权利义务关系。三项效力，使协议从合意转化为可执行的依据。
确认程序的费用，宜予减免。生态环境损害赔偿涉及公共利益，确认程序的费用应当低廉；本文主张，按件收取，或者免收。费用的减免，可以鼓励磋商，减少诉讼。
协议与确认裁定的关系，须予澄清。协议是当事人之间的合意，确认裁定是法院对合意的确认；二者的内容应当一致，裁定不得超出协议的范围。裁定与协议不一致的，以裁定为准；但当事人可以就超出部分另行协商。
确认程序的救济，须予保障。当事人对不予确认的裁定不服的，可以申请复议；对确认的裁定有异议的，可以申请撤销。撤销的事由，限于欺诈、胁迫、恶意串通、违反法律强制性规定。撤销的程序，参照审判监督程序。
第三人利益的保护，亦须考虑。协议的内容可能影响第三人的权利，例如相邻土地的权利人、下游的用水户；第三人未参与磋商的，可以就协议的执行提出异议。异议成立的，执行应当中止或者调整。
六、不履行时的救济
协议经确认后，赔偿义务人不履行的，赔偿权利人可以申请强制执行。执行的依据，是确认裁定；执行的法院，是作出裁定的法院或者被执行财产所在地的法院；执行的期限，依民事诉讼法的规定。
执行的措施，包括：查封、扣押、冻结财产；划拨存款；拍卖、变卖财产；限制高消费；纳入失信名单。修复义务的执行，可以采取代履行的方式，即由他人代为修复，费用由赔偿义务人承担。
代履行的适用，须有条件。其一是义务的性质适合代履行，即修复义务可以由他人完成；其二是赔偿义务人不履行或者履行不符合标准；其三是经催告仍不履行。代履行的费用，由赔偿义务人承担；拒不承担的，可以强制执行。
协议未经确认的，赔偿义务人不履行的，赔偿权利人不能直接申请强制执行，须先提起诉讼。诉讼的类型，依协议的性质确定：行政协议说下，提起行政诉讼；民事合同说下，提起民事诉讼。本文主张采行政协议说，故提起行政诉讼。
一个实务问题，是协议的部分履行。赔偿义务人履行了部分义务，另一部分未履行的，赔偿权利人可以就未履行的部分申请执行；已履行的部分，不得重复执行。执行的过程中，双方可以达成执行和解；和解协议不履行的，可以恢复原协议的执行。
另一个实务问题，是赔偿义务人的变更。赔偿义务人在协议履行期间合并、分立、转让主要资产的，其义务由承继者承担；无承继者的，可以就其实施损害行为时享有的财产执行。这一规则，可以防止赔偿义务人通过重组逃避义务。
执行的监督，亦须加强。生态环境修复的执行，周期长、专业性强，法院的执行部门难以独自监督；本文主张，由赔偿权利人（行政机关）负责监督，法院负责执行的强制措施；二者分工配合，确保修复到位。
执行的期限，须予明确。确认裁定生效后，赔偿义务人未按期履行的，赔偿权利人可以申请执行；申请执行的期限，依民事诉讼法的规定为二年，自履行期限届满之日起算。期限的明确，可以避免权利的怠于行使。
执行的费用，由被执行人负担。修复义务的代履行费用，先由申请执行人垫付，后由被执行人承担；被执行人拒不承担的，可以强制执行。费用的负担，不影响修复的进行。
执行的公开，亦须考虑。生态环境修复的执行，涉及公共利益，执行的进展宜向社会公开；公开的方式，包括法院的公告、行政机关的通报、媒体的报道。公开的作用，是接受监督、增强信任。
执行的中止与终结，亦须明确。被执行人死亡或者终止，无遗产或者无财产可供执行的，执行中止；修复义务因客观原因不能履行的，执行终结。中止与终结的事由，须经审查；审查的结论，应当告知赔偿权利人。
执行与修复的验收，须衔接。修复义务执行完毕的，由赔偿权利人组织验收；验收合格的，执行终结；验收不合格的，责令继续修复。验收的结论，是执行终结的依据；验收的标准，是协议约定的修复目标。
七、与公益诉讼、行政处罚的衔接
磋商不是唯一的救济途径。生态环境损害赔偿诉讼、环境民事公益诉讼、行政处罚，均可能针对同一损害行为。四者的关系，须予厘清；否则，重复追责或者责任落空，均有可能发生。
磋商与赔偿诉讼的关系，是先磋商后诉讼。依现行规定，赔偿权利人应当先与赔偿义务人磋商；磋商不成的，可以提起诉讼。磋商达成协议并申请确认的，不得再行起诉；协议未确认或者未履行的，可以起诉。这一安排，体现了磋商的优先性。
磋商与公益诉讼的关系，须区分主体。赔偿权利人是行政机关，公益诉讼的原告是检察机关或者社会组织；二者的主体不同，诉的利益相同。若磋商已经覆盖全部损害，公益诉讼的目的已经实现，法院可以裁定驳回或者终结；若磋商未覆盖全部损害，公益诉讼可以就未覆盖的部分进行。
实务中的问题，是磋商与公益诉讼的重复。磋商协议约定的赔偿数额较低，社会组织另行提起公益诉讼，要求补充赔偿。此时，法院应当审查磋商协议是否已经充分救济了公共利益；已充分的，驳回；未充分的，支持补充赔偿。审查的标准，是损害的评估结论。
磋商与行政处罚的关系，是并行不悖。行政处罚是对违法行为的制裁，生态环境损害赔偿是对损害的填补；二者的功能不同，可以并用。赔偿义务人缴纳了赔偿金，不免除其行政责任；反之亦然。
但并用的限度，须予注意。罚款与赔偿金均具有金钱给付的内容，若数额过高，可能超出义务人的承受能力，导致二者均无法实现。本文主张，在确定罚款的数额时，可以考虑赔偿金的缴纳情况，作适当的调整；但不得以免除赔偿为条件减免罚款。
磋商与刑事责任的衔接，亦须考虑。污染环境罪、非法捕捞水产品罪等犯罪，往往同时造成生态环境损害。赔偿义务人积极磋商、履行赔偿的，可以作为认罪认罚的考量因素；但不得以赔偿代替刑罚。二者的界限，须严格把握。
第五个问题，是磋商的周期过长。部分案件从启动到签约，历时一年以上；评估、协商、报批，环节众多，效率不高。周期过长，损害的修复迟延，公众的利益受损。
解决之道，在于流程的优化。建立磋商的时限制度，明确各环节的期限；简化报批的程序，减少不必要的审批；推行简易磋商，对损害较小、责任明确的案件，缩短流程。效率的提升，不牺牲程序的公正。
第六个问题，是专业能力的不足。生态环境损害的评估、修复，涉及环境科学、生态学、工程学等多学科知识；法院、行政机关的专业能力有限，难以独立判断。能力的不足，导致对评估报告、修复方案的审查流于形式。
解决之道，在于专业支撑的建立。建立生态环境损害的专业人才库，为磋商、确认、执行提供咨询；建立专家辅助人制度，当事人可以聘请专家参与；建立技术调查官制度，法院可以指派技术人员参与审理。专业支撑，是制度运行的保障。
八、实践中的问题与完善
实践中的第一个问题，是磋商的自愿性不足。部分行政机关以行政处罚、刑事追责相威胁，迫使赔偿义务人接受不合理的条件；部分赔偿义务人为了避免更重的责任，违心签署协议。自愿性的欠缺，影响协议的效力，也影响修复的效果。
解决之道，在于程序的保障。磋商前，行政机关应当告知赔偿义务人其享有的权利，包括陈述、申辩、申请回避、聘请律师；磋商中，应当充分听取意见，不得以威胁、利诱的方式达成协议；磋商后，应当给予合理的考虑期限，不得要求当场签署。
第二个问题，是评估的规范性不足。部分评估机构资质不全、方法不当、结论粗糙；部分评估报告只载结论，不载过程，难以审查。评估是磋商的基础，评估不规范，协议的内容便失去依据。
解决之道，在于评估的规范化。建立评估机构的资质管理制度，明确评估的方法与标准；评估报告应当载明评估的过程、依据、结论，并附相关的数据；法院在确认程序中，应当对评估报告作实质审查，发现问题的，责令重新评估。
第三个问题，是修复的监督不足。部分协议签订后，行政机关未跟踪监督，修复是否完成、是否达标，无人过问；部分修复流于形式，种几棵树、撒几把草，即宣告完成。监督的缺失，使制度的效果大打折扣。
解决之道，在于监督的制度化。建立修复的全过程监督机制，包括修复方案的备案、修复过程的检查、修复结果的验收；引入第三方机构参与验收，验收的结论向社会公开；验收不合格的，责令继续修复，并追究相应的责任。
第四个问题，是赔偿金的使用不透明。部分地方的赔偿金缴入财政后，未专项用于生态修复，而是纳入一般预算；部分赔偿金的使用缺乏规划，项目选择随意。使用的不透明，削弱了制度的公信力。
解决之道，在于使用的规范化。建立赔偿金的专户管理，明确使用的范围、程序、监督；编制的修复项目清单，向社会公开；使用的效果，定期评估并向社会公布。透明的使用，是制度获得认同的基础。
从比较法上看，美国的自然资源损害评估与修复制度、欧盟的环境责任指令，均设有类似磋商的机制。美国的做法是由政府机构与责任方协商修复方案，协商不成的，由政府机构作出行政决定，责任方可以申请司法审查；欧盟的做法是由主管机关要求经营者采取修复措施，经营者可以提出方案，主管机关批准后执行。两者的共同点，是行政机关的主导地位与司法审查的保障。
我国的磋商制度，兼顾了二者的要素：行政机关主导磋商，法院通过确认程序审查。这一构造，既保持了行政的效率，又引入了司法的监督。其成败，取决于确认程序的实质化程度；若确认流于形式，则监督落空；若确认过度，则效率受损。本文主张的有限实质审查，正是在二者之间寻求平衡。
最后须强调，磋商协议只是生态环境损害赔偿的一种方式，不是唯一方式。对于损害严重、责任争议大的案件，诉讼仍是必要的选择。制度的设计，应当为当事人提供多元的路径，而不是强制的单一通道。多元的路径，方能适应复杂的现实。
九、结语
生态环境损害赔偿磋商，是我国环境治理的制度创新。本文主张：磋商协议在性质上是行政协议，但其行政性受限于磋商的合意本质，行政机关单方变更须有法律依据且须补偿；司法确认应采有限实质审查，审查的事项限于违反法律强制性规定、损害公共利益与他人合法权益、显失公平三项；协议经确认后，赔偿义务人不履行的，赔偿权利人可以申请强制执行，无须另行起诉；协议的效力范围限于磋商的事项，不及于未参与磋商的第三人。
这一构造的意义，在于为磋商提供稳定的预期。赔偿义务人知道，签署协议后须履行，不履行将被强制执行；赔偿权利人知道，协议经确认后即有执行力，无须再诉；法院知道，确认程序的审查有限，不至于沦为第二个诉讼。三者预期稳定，制度方能运转。
当然，制度的完善须有配套。评估的规范、监督的制度、赔偿金的管理，均须加强；磋商的自愿性、协议的可执行性、修复的实效性，均须保障。本文的讨论，只是解释论上的尝试；真正的完善，须在实践中逐步积累。
生态环境的修复，是一项长期的事业。磋商协议只是起点，不是终点；赔偿金的支付只是手段，不是目的。制度的目标，是让受损的生态环境得到实际的修复，让污染者承担应有的责任，让公众享有良好的环境。这一目标的实现，须有法律的保障，更须有执行的落实。